Arrêt de travail : ce qui change en septembre 2026

À partir du 1er septembre 2026, les règles liées aux arrêts de travail évoluent.

Le principal changement concerne la durée maximale des prescriptions ouvrant droit aux indemnités journalières.

Pour les entreprises, cette réforme ne bouleverse pas toute la gestion des absences, mais elle impose davantage de vigilance dans le suivi des arrêts maladie et de leurs prolongations.

Les services RH, les managers et les employeurs devront donc bien comprendre ce qui change réellement, afin d’éviter les erreurs administratives et d’anticiper les impacts sur l’organisation du travail. 

Ce qui change au 1er septembre 2026 

À compter du 1er septembre 2026, une première prescription d’arrêt de travail ne pourra pas dépasser 31 jours.

En cas de prolongation, la durée maximale sera fixée à 62 jours. 

Cela ne signifie pas qu’un salarié ne pourra plus être arrêté au-delà de ces durées. Si son état de santé le justifie, l’arrêt pourra être prolongé.

En revanche, chaque prescription devra respecter ces nouveaux plafonds. 

L’objectif est de mieux encadrer les arrêts de travail, d’assurer un suivi médical plus régulier et de limiter les prescriptions longues sans réévaluation.

Pour les employeurs, cela signifie que les arrêts pourront faire l’objet de renouvellements plus fréquents, avec un suivi administratif plus attentif. 

Ce qui ne change pas vraiment 

Certaines obligations existaient déjà avant septembre 2026. Le salarié doit toujours transmettre son arrêt de travail dans un délai de 48 heures à son employeur et à l’Assurance Maladie. 

Les contrôles médicaux ne sont pas non plus une nouveauté. Pendant un arrêt maladie, le salarié peut déjà être contrôlé par l’Assurance Maladie, notamment pour vérifier le respect des horaires de présence au domicile lorsque des sorties sont autorisées. 

Le rendez-vous de liaison existe également déjà. Il peut être organisé à partir de 30 jours d’arrêt, à l’initiative de l’employeur ou du salarié, pour préparer le retour au travail et prévenir la désinsertion professionnelle. 

Quels impacts pour les entreprises ? 

Pour les employeurs, le principal enjeu sera le suivi des dates. Il faudra vérifier la durée des arrêts initiaux, surveiller les prolongations et transmettre les éléments nécessaires à la paie et à l’Assurance Maladie. 

Cette évolution peut aussi avoir un impact sur l’organisation interne. Des prolongations plus fréquentes peuvent nécessiter une meilleure anticipation des remplacements, une adaptation de la charge de travail ou un dialogue plus régulier avec les managers. 

Les RH auront également intérêt à rappeler les bons réflexes aux salariés : respecter les délais d’envoi, informer l’entreprise en cas de prolongation et transmettre les justificatifs dans les temps. 

Conclusion 

L’arrêt de travail septembre 2026 introduit surtout un nouveau cadre pour la durée des prescriptions : 31 jours maximum pour un arrêt initial et 62 jours maximum pour une prolongation. 

Pour les entreprises, l’enjeu est donc moins de tout revoir que de mieux structurer le suivi des absences. Une gestion rigoureuse permet de sécuriser la paie, d’éviter les erreurs et de mieux anticiper les impacts sur l’activité.